プレプリントがマイクロバイオームを裏付ける研究に疑問を投げかける

ニューヨーク – 1月、カリフォルニア大学サンディエゴ教授のロブ・ナイト氏と元大学院生のグレッグ・セピッチ・プール氏が共同設立したカリフォルニア州サンディエゴを拠点とする新興企業ミクロノーマ社は、肺腫瘍検査に関して米国食品医薬品局から画期的な機器の指定を獲得した。 、肺がんを検出するための血液マイクロバイオームに基づくアッセイ。

マイクロバイオーム主導のリキッドバイオプシー技術を初めて使用したと主張する同社は当時、「画期的なデバイスの指定につながった研究は、科学雑誌に掲載されたミクロノーマの共同創設者の発見に基づいている」と述べた。 Nature と Cell 誌に掲載されています。」

しかし、月曜日にBioRxivに投稿されたプレプリント研究によると、2020年に発表されたNatureの研究には「重大なデータ分析の誤り」があると主張されており、その結果、その結論は「無効」であると考えられるべきであると、月曜日にBioRxivに投稿されたプレプリント研究によると、英国のイースト・アングリア大学とジョンズ・ホプキンス大学です。

ナイト氏は批判を一蹴し、チームの結果は健全で再現性があると主張した。

現在進行中の論争がミクロノーマのようながんマイクロバイオームに基づく診断検査の商業開発にどのような影響を与えるかはまだ分からない。 同社は、プレプリントで提起された懸念に関するGenomeWebからの質問への回答を拒否し、「これらの質問に回答できる窓口は閉まった」と述べた。

また、この批判が OncobiotaLung の規制当局の承認を危うくする可能性があるかどうかも不明である。OncobiotaLung は画期的なデバイスに指定されており、FDA による迅速な審査と評価を受ける権利がある。 FDAの広報担当者は、FDAは「保留中の申請について話し合うことはできない」と述べた。

問題の研究

Knight、Sepich-Poore、および彼らの共同研究者によって2020年に発表された、問題のNature研究は、がんゲノムアトラス（ TCGA)、33 種類のがんをカバーします。

ナイト博士のチームは、機械学習アルゴリズムをトレーニングすることで、微生物の組成に基づいて腫瘍の種類を高精度で区別できることをさらに実証しました。

イースト・アングリア大学の博士研究員で、プレプリント研究の筆頭著者であるエイブラハム・ギハウィ氏は、「ロブ・ナイト論文が出たとき、最初はとてもうれしかった」と語った。 「それは素晴らしい概念実証のように見えました。」

「そうすると、『ああ、それは必ずしも主張通りのものではない』と気づくのです」と彼は付け加えた。 ギハウィ氏の当初の懸念には、ヒト配列の汚染、バッチ効果の取り扱い、偽陽性分類、機械学習アプローチの制限などが含まれており、彼はそれらを今年 1 月に BioRxiv に投稿された初期のプレプリントで発表しました。

このプレプリントはすぐにナイト氏の言うところの「徹底した反論」に遭い、同氏のチームは2月に投稿したプレプリントでそれを公表した。

さらにナイト氏は、自身が共著した最新の手法を用いた2022年のCell論文でも「微生物はがんの種類に特異的であるという同じ結論」に達していると主張した。

2つの「重大な間違い」

ギハウィ氏の1月のプレプリントが出た後、彼に連絡を取った研究者の一人は、ジョンズ・ホプキンス大学の計算生物学者スティーブン・サルツバーグ氏で、彼は共同研究者となり、今週のプレプリントの責任著者となっている。

「（スティーブンは）データに関しても何か少しおかしいのではないかと常に疑っていましたが、それを指摘することはできませんでした」とギハウィ氏は語った。 「それで、私たちは一緒に仕事をするようになりました。」

両氏は2020年のネイチャー研究をさらに精査し、ギハウィ氏の以前の分析に基づいて作成された新しいプレプリントでは、ナイト氏の元の論文には2つの「重大な誤り」があったと主張している。 研究者らは、「これらの問題はいずれも結果を無効にしており、研究で提示されたがんを識別するためのマイクロバイオームに基づく分類法は完全に間違っているという結論につながる」と主張した。